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第八使徒被初号机、零号机以及二号机合作歼灭，随着这一次行动的顺理完成，三位驾驶员之间的关系迅速拉近。
NERV组织所属的下层建筑施工人员对第八使徒在市内造成的破坏场地进行着修复工作，基地组织内部的工作人员则是在紧急修复初号机被第八使徒攻击造成的创伤，毕竟谁也不知道第九使徒什么时候会来不是。
当然了，这些事情暂时都和碇真嗣、绫波丽、明日香，还有葛城美里无关，前面三个少年少女跟着后面的大人去吃她事前答应的“大餐”——如果路边摊的卖的便宜拉面也算是是大餐的话。
第三新东京市的警报解除，恢复之前的平静，在防空洞中避难的人们纷纷走出来，习以为常的迅速恢复往日的生活节奏。
对此，零观不得不赞叹一声这些人的精神之坚韧。
在城市重新恢复生机的时候，NERV总部某处极为秘密的密室被打开，碇源渡和冬月幸增走了进来。碇源渡走到房间中央位置的椅子旁坐下来，冬月幸增把门关住锁好，走到碇源渡身后静静地站着。
嗡嗡嗡嗡嗡嗡嗡——————
漆黑的房间里亮起暗红色的光芒，七块奇异的石碑以漂浮着的方式出现在两人周围，石碑表面最显眼的就是标着的从一到七的数字。
没错，这些就是在幕后掌握着整个世界命脉的SEELE的绝对高层人员。
“到目前为止，计划进行的非常顺利。做得好，碇，我们当初果然没有选错人。”一号石碑说道。
“过奖了。”碇源渡淡淡的应道。
二号石碑传出声音：“和那个少年近距离相处了那么久，有没有收获呢？”
碇源渡眼前的镜片一闪，“不知道您口中的收获指的是什么呢？”
“当然是他的来历，如何拥有那种力量，目的是什么......这些事情，碇司令你以为是什么呢？”
碇源渡没有吭声。
其他几块石碑无言的悬浮着，似乎是在等待他的回答，又似乎是在鄙视着他，房间里的气氛变得有些莫名的诡谲。
果然......SEELE的这些老头子们坐不住了。冬月幸增面无表情的看着碇源渡的背影，碇，你要怎么回答呢？
“一无所获。”碇源渡淡淡的吐出四个字，然后继续说道，“对方一直都在忙着进行海洋生物系统的恢复工作，最近则是在进行其他生物的恢复工作，并没有受到他进行其他事情或者有其他目的的举动。”
“......是吗？原来如此。”一号石碑的语气有些古怪，随即他自己察觉了这种异样，咳了一声，沉声说道，“这件事情就这样算了。碇，计划已经进行到了关键的时候，绝对不许意外，你明白吗？”
“当然，实现「人类补完计划」是我最重要的人生目标，我是不会让它出现任何意外的，各位请放心！！！”碇源渡坚定的说道。
“那就好。”
“接下来，我们会把EVA三号机和傀儡系统送到第三新东京市去，有你在那里分别进行检测实验。”
碇源渡下意识的皱了皱眉，“傀儡系统？那种东西已经被开发出来了？”
“不错，有了傀儡系统，EVA机体就能被我们彻底掌控。”
“就算出了问题，也能有翻盘的余地。”
碇源渡脸上露出一丝不悦，说道：“恕我直言，傀儡系统......”
“碇！”
一号石碑发出声音打断了碇源渡的话，“这是SEELE的命令。还有，三号机和傀儡系统已经在运送到第三新东京市的路上，你做好接收的准备吧。”
“......我明白了。”
“不要让我们失望，碇！！！”
意味深藏的撂下这句话，七块石碑的光芒全都消失，房间内重新陷入一片黑暗，寂静的没有半点声音。
“碇......”
“冬月老师，安排下去，做好接收三号机和傀儡系统的准备吧。”碇源渡思忖了一下，继续说道，“另外，把二号机冻结吧。”
“......好吧，”
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由于“梵蒂冈条约”明确规定“一个国家不得拥有超过三架EVA机体”，初号机、零号机、二号机，再加上刚刚运送过来的三号机，第三新东京市这里已经有了三架EVA，所以必须封印一架才行。